QgsVectorLayerのQgsCoordinateReferenceSystemを設定

投影情報を持っていないShapeファイルを読み込んで「QgsVectorLayer」を作成した後に投影情報を設定する

layer = QgsVectorLayer(Shapeファイルのフルパス, レイヤ名, "ogr")
crs = layer.crs()
crs.createFromString('EPSG:2451')